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康熙帝是统一的多民族国家的扞卫者，奠定了清朝兴盛的根基，开创出康乾盛世的大局面，有学者尊之为“千古一帝”。在他完成平定三藩后，下一步，他终于将视线投向了宝岛台湾。
当时，朝中分主战和主和两派。一部分反对动用军队征台，以为刚刚平息吴三桂之乱，天下初定，不宜再开兵端；在福建的一些封疆大吏尤其反对武力统一台湾，以水师提督万正色反对尤力.他断然说:“台湾断不可取！”还有一些认为“海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”。有些甚至怀疑施琅的忠诚，断定他征台湾，“必叛”无疑。以内阁大学士李光地、福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚为主战代表，力主趁机攻取台湾.永绝后患。他们力保施琅可当大任，因为他与郑氏有世仇，其心可保；熟悉海上情况，又有谋略，威震海上。康熙帝听取了各方面的意见，终于决定下达了进军台湾的命令，正式任命和起用施琅为福建水师提督，委以全权，统率大军取台湾。
此时的台湾，郑成功的儿子郑经已经去世。台湾内部发生政变，年仅十二岁的郑克塽继任延平王位，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握。郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。
施琅（1621年—1696年），字尊侯，号琢公，福建省泉州府晋江县（今泉州市晋江市龙湖镇衙口村）人，祖籍河南固始，明末清初军事家，清朝初期重要将领，康熙时领军收复台湾。
施琅早年是郑芝龙的部将，1646年（顺治三年）随郑芝龙降清。不久又加入郑成功的抗清义旅，成为郑成功的得力助手。郑成功手下曾德一度得罪了施琅，施琅借故杀曾德而得罪了郑成功，郑成功诛杀了施琅父亲与弟弟。由于亲人被郑成功杀害的大恨，施琅再次降清。施琅投降清朝后，被任命为清军同安副将，不久，又被提升为同安总兵、福建水师提督。1681年（康熙二十年），康熙帝采纳了李光地的意见，授施琅福建水师提督，施琅积极进行攻讨台湾的部署准备。1682年（康熙二十一年），康熙帝决定攻台，命施琅与福建总督姚启圣一起进取澎湖、台湾。1683年（康熙二十二年）六月，施琅指挥清军水师先行在澎湖海战对台湾水师获得大胜。上疏吁请清廷在台湾屯兵镇守、设府管理，力主保留台湾、守卫台湾。因功授靖海将军，封靖海侯。
1696年（康熙三十五年）施琅逝世，赐谥襄庄，赠太子少傅衔。施琅死后与其妻王氏、黄氏合葬。泉州城内有靖海侯府和施氏大宗祠。在同安东郊有绩光铜柱坊，现为福建省文物保护单位。
施琅是福建泉州晋江龙湖镇衙口人，祖籍河南省固始县方集镇。祖先叫施柄，是南宋高宗时期评事官，于1163年（隆兴元年）自河南光州固始县施大庄（今郭陆滩镇青峰村）南渡入闽，成为了浔海施氏的始祖。施琅出生于一个农民家庭，祖父时家境较为宽裕，到了父亲施大宣的时候开始衰落，但施大宣尚义持正，乐善好施，所以在乡里名声很好。施琅生得脸面大额头宽，施大宣以为这是贵人相，所以对施琅严加管教，希望施琅日后成为公侯将相。
少年时代的施琅学书不成，所以放弃去学剑。跟从他的老师学习兵法，各种兵法没有不精通的，并且智勇双全。促使施琅充满自信心。综观施琅一生行事，无不透露出自信的性格。施琅十七岁便从军，为明将总兵郑芝龙的部将。每到作战的时候肯定是身先士卒，屡立战功。
后来在郑成功部下任左先锋职，追随郑成功进行抗清斗争。郑成功待他非常好，把他看成是自己的得力助手，对他礼遇非常，军事相关的事务以及机密大事都要和他商量。
1646年（顺治三年），清军统帅博洛利用郑芝龙的声望招降其旧部，“奉郑之命降清的有武毅伯施福、海澄伯郑芝豹和部下总兵十员，兵将十一万三千名”。李成栋奉调由闽浙入粤时，施福率施琅梁立等及五千兵马随征，在扑灭顺德县“海寇”和镇压东莞、增城地区的张家玉抗清义师中起到了不小的作用。《碑传记》载：“既而承当要事，从海道出粤东，战胜攻克，人以岳家军目之”。由于李成栋对南方兵将存在歧视心理，在奏疏中说从福建带来的施琅等官兵“脆弱不堪，无资战守”，甚至伺机剪灭和解散。施福、施琅、黄廷等人过着寄人篱下的生活，忍气吞声，大有怀才不遇，有功不赏之感。
1648年（顺治五年），闽系将领跟从李成栋反清复明。施琅在遣回福建途中遭李成栋部将郝尚久的暗算，“公侦知其事，急拔众走饶平（今广东省潮州市东），踞守阅月突围出，且战且行，从弟肇琏、肇序皆随殁军中”，勉强拖到粤闽交界的黄冈镇才得以脱身，投郑成功部下。成为郑成功部下最为年少、知兵、善战的得力骁将。
1651年（顺治八年），施琅随郑成功下广东南澳勤王，后因施琅与郑成功战略“舍水就陆，以剽掠筹集军饷”的做法提出反对意见，郑成功很不高兴，削施琅兵权，令施琅以闲暇人员返回厦门，时遇清军马得功偷袭厦门，守厦门的郑军主将郑芝莞惊慌弃城溃逃，当时施琅亲率身边六十余人主动抵抗清军，勇不可挡，杀死清军主将马得功之弟，马得功差点被活捉，清军的率残兵败将仓惶逃离厦门。在南澳的郑成功见军心动摇，觉得继续南下已不可能，只好回师厦门。
1651年（顺治八年），施琅在清军登上厦门岛形势极为严峻的时候，曾经率领部卒数十人奋力作战；郑成功回到厦门论功行赏，奖给白银二百两。表面上是赏罚分明，可是，郑成功对施琅的傲慢跋扈却怀有戒心。尽管郑成功肯定了他在厦门迎战清军的功绩，却不肯归还他的兵权。施琅在广东时曾经委婉地提请郑成功注意主力西进后，后方兵力单薄的危险，郑成功听不得不同意见，解除了他的兵权。在施琅看来，自己在总的用兵策略上提的建议已经被事实证明是正确的，遣回厦门以后，又不顾个人安危，奋勇同清兵作战，满心以为郑成功班师归来将恢复自己的左先锋职务。不料，郑成功回到厦门以后，并不让他官复原职。施琅大为不满，向成功报告自己心灰意懒，想去当和尚，借以探测成功对他的态度。成功不为所动，叫他另行募兵组建前锋镇。施琅见难以挽回，一气之下剃光头发，不再参见郑成功。
1652年（顺治九年），曾德事件导致施琅与郑成功公开决裂。自从郑芝龙降清后，曾德似乎不大得志，在郑成功军中受施琅节制。施琅既被削去兵权，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入成功营中充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右镇黄山以商量出军机宜为名逮捕施琅之弟施显，同时，命右先锋黄廷带领兵丁包围施琅住宅，将施琅和他的父亲施大宣拘捕。施琅被捕后，在一些亲信部将和当地居民的掩护和帮助下逃到大陆。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，在七月间把施大宣、施显处斩。施琅得知父亲和弟弟被杀的消息，对郑成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同郑氏为敌。
1656年（顺治十三年），施琅随清定远大将军济度进攻福州，被授予同安副将的职务。后调北京任内大臣期间，甚为贫苦，依靠妻子在北京当女红裁缝贴补家用所需。
1659年（顺治十六年），清廷升任施琅为同安总兵。1662年（康熙元年），施琅升任为福建水师提督，遣军击败郑经进攻海澄的军队，并上书清廷将台湾纳入清朝的版图。终于获得康熙帝的支持。期间郑成功在台湾病逝、郑经继为延平郡王。郑经接替郑成功后，由于内部陈永华（郑克臧岳父）和冯锡范（郑克塽岳父）发生内讧。病中的郑经把政务交由长子郑克臧处理，克臧聪明能干，做事井井有条，从来没有过失，也很受郑经的宠爱和信任。郑经病逝后，冯锡范毒死郑克臧，立十一岁的傀儡郑克塽为延平王，冯锡范专横，贪赃枉法，大失人心。1664年（康熙三年）施琅由于建议，清朝派他率兵收复金厦新胜，预备进攻澎湖，直捣台湾，使国家四海归一，边民无患。
1667年（康熙七年），孔元章赴台招抚失败后，施琅即上《边患宜靖疏》，次年又上《尽陈所见疏》，强调不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地方划为界外，使得东南地区赋税缺减，人民愈加贫困；必须速讨平台湾，裁减当地的军队，恢复地方上的经济，增加赋税，使得民生得以安定，边疆可以安稳。他分析双方的力量，指出台湾兵马总计不满二万多，船兵大小不上二百号，他们之所以能占据台湾，是因为汪洋大海为他们提供了保障。而福建水师官兵共有一万多人，管制的陆上兵马和投降清朝的官兵也有不少，只要从中挑选劲旅二万，足以平定台湾。他主张剿抚兼施，从速出兵征台，以免养虎遗患。施琅这一主张，受到以鳌拜为首的中央保守势力的攻击，以海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全为借口，把他的建议压下来。施琅的议谏被束之高阁，甚至裁其水师之职，留京宿卫，长达13年，但他仍然矢志复台报仇，实现自己的意愿。在京之日，他密切注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，每天在府内耐心等待朝庭的重用。
从施琅的自身条件来看，他的确是攻台清军主将的合适人选。首先，施琅生长在海边，自幼随父从事海上贸易活动，精通航海，对海疆的气候、地理等方面的情况了若指掌。从军后，转战东南沿海，有丰富的海战经验。其次，施琅通晓兵法、战阵，并一贯主张以武力统一台湾，所以多年来精心谋划对台用兵方略，提出“因剿寓抚”的战略方针及一整套实施方案，不但周密完备，而且是切实可行的。第三，施琅是从郑氏阵营中反叛出来的，他熟悉台湾郑氏集团内情，他的智勇韬略也一向为郑军官兵所畏惧。他在郑氏集团中的故旧很多，为他争取内应和进行情报工作提供了便利条件。第四，施琅不但是武力统一的坚决拥护者，而且对统一充满信心。
他回到厦门后，便日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，亲自挑选工匠和船，历时数月，使原来全无头绪的水师船坚兵练，事事全备。
1683年（康熙二十二年）六月十四日，施琅督率水军由铜山出发。在进攻路线的选择上，施琅根据风向和敌方防御情况的情报，决定清军船队从铜山（今福建东山岛）启航，乘六月的西南季风向东穿越台湾海峡，首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛。这样就可获得船队的锚泊地和进攻出发地，占据上风上流的有利位置向澎湖发起攻击。攻下澎湖，扼敌咽喉，然后兵锋直指台湾，可顺利实施“因剿寓抚”的战略方针。
六月十六日，清军舰队向澎湖郑军发动第一次进攻，初战失利。施琅很快吸取教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。施琅将清军分为四部分：施琅亲率56只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫；总兵陈蟒等率领由50只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫；总兵董义等统率另50只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军；其余80只战船作为预备队，随主攻部队跟进。十八日，施琅先派战船攻取澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。二十二日早七时，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。经过9小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵1.2万人，俘获5000余人。击毁、缴获郑军战船190余艘。郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人。
此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克塽茫然地说：“现在台湾人心风声鹤唳，继续守卫台湾恐怕右边啊；士卒满目疮痍，再战下去恐怕难以取胜。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”郑克塽听从了刘国轩的劝告。
八月十三日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，主动前去祭郑成功之庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了高度的评价，并称郑氏收复台湾是为国为民尽职的举动，对郑成功毫无怨仇。祭祀完成之后，施琅哽不成声，热泪纵横。郑氏官兵和台湾百姓深受感动。赞扬施琅胸襟宽广，能以大局为重。冷静处理公义私怨的关系，远非春秋时期的伍子胥所能比拟。
当时，清廷内部对台湾地位的重要性认识不足，对是否留台存在争议。施琅上疏力主留台卫台。在分管兵部的清朝东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅（乃分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫）的意见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。