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龟船拥有很多优势，比如说防御力超强，装载的火力很强，调头速度快。在保持瞬间破坏力和高机动性的同时，还能限制敌人进行接舷战和肉搏战。
然而，龟船也有一个致命的弱点，那就是贵。制造一艘龟船上，要配备大量的火炮、操作手，还要消耗大量的铁、铜等资源。这些资源是用来制作铁钉、铁链、锚桨与贯穿环之类。
也幸亏朝鲜海军所拥有的龟船不多，否则大明水师绝不可能如此轻松地取得胜利。数理院的学者们整理材料回去禀报皇上。
袁可立花了大工夫治理朝鲜之地，终于靠给朝鲜贫苦农民和大明移民分地，占据了优势地位。局部地区的反抗是零星的，也是弱小的。
皇帝下令朝鲜割出义州等北部城市给辽东，剩余的地方化为一省，就叫做乐浪省。就如同汉朝武帝设置的乐浪四郡是一个道理。袁可立的官职则更名为乐浪总督。
功勋卓著的袁可立并没有接受皇帝的册封，他自称老朽病弱，请求辞官回家。皇帝还以为他是怕自己功高震主，朱由校派名医喻嘉言去乐浪给他治病。
袁可立是真的有病，他因为常年的操劳国事，已经是风烛残年，最近两年在朝鲜苦心谋划为国取地。现在他身体是灯尽油枯，只靠着一股精神气在支撑。他知道他对得起皇上的知遇之恩，朝廷在朝鲜投入了超过六百万两白银的军费，是值得的。
喻嘉言到了汉城给袁可立看病，这一下子才知道袁总督已经病入膏肓，连长途旅行回家都不能了，他急忙给皇帝写信告知此事。朱由校收到消息后，也是知道大事不妙，他急忙下圣旨让现任山东巡抚汪乔年调任朝鲜做巡抚。袁可立则是安心休息，就地养病。
正史中的大明在对外战争有一个很突出的特点：从不和谈。无论是被瓦剌捉了皇帝，还是被女真人打进北京，大明从来不会卑躬屈膝地乞求议和，而是一根筋死扛到底。
但对外开拓土地的战争不能这么死心眼儿，朱由校一直在招降蒙古和女真的部落，让牛羊代替铁骑，烽烟化为牧歌。
卢象升向皇帝上疏道，目前明军控制的关外，牧群隐现，耕田青黄，边界如同内地。女真没有南下的意向，辽东精锐有一部分被调到朝鲜去了，守有余而攻不足，目前最好还是组织屯田抓粮食生产。
勇猛的卢象升能打苦战、恶战，但有些厌恶无休无止的战争，不想把那些也有妻儿老小的士卒随便投进战争这架绞肉机中。他渴望为国家建功立业，然而他更重视生灵，珍视那被权贵视为草芥的生灵。
皇帝接受了卢象升的建议，今年暂不征伐女真余部，他的心思还是放在清查各地粮库、银库的亏空上。各地亏空，不是受上司勒索，就是自身侵渔，都是非法的。之前，朱由校忙于处理中央的贪官污吏，地方上的硕鼠实际上抓的不多。
在地方上的清查亏空，今年普遍开展
起来。赃官一被揭发，皇帝为使他们退还赃银，保证归还国库，主要是采取抄家籍没的手段。官衙与原籍同时抄捡，避免隐藏，一切家产估价变卖，就可以较多地完纳应偿亏空。
与抄家同样重要的手段是罢官，凡是贪官，一经被人告发，就革职离任，不许再像以往那样留任以弥补亏空。皇帝知道，若允许贪官留任，必然要以新的贪污补偿旧的亏空，正所谓“不取于民，将从何出？”
既要保证亏欠归还国库，又不许赃官得到好处，皇帝采取了许多措施：
第一、命令贪官的亲戚帮助赔偿。有的犯官把赃银寄藏在宗族亲友家，这些人也有平时分用赃物的，这时要帮他清偿，所以往往抄没这些人的家产。
第二、禁止代赔。过往追赃时，有以地方官和百姓代为清偿的，皇帝概不准行。因为州县官绅代赔之事，弊病很多，可能是恶霸绅衿与贪官勾结，利用贪官的留任，再大大地捞一把。
第三、挪移之罚，先于侵欺。挪移多是因公挪用，常常有不得已的情况；侵欺是贪污。两种情况都是亏空，但性质有所不同。一般的惩治，先抓贪污，后及挪移。官僚遂因之取巧，将侵欺报作挪移，避重就轻，希图免罪。为对付贪官的钻空子，皇帝改变成例，在挪移和侵欺两项追赔中，不管哪个案子发在前头，一律先查挪移的罪。
第四、对畏罪自杀官员加重处理。这样的赃官知道自己保不住官职家财，就打算一死了之，把赃款留给子孙。为了使他们的狡计落空，皇帝令新官将犯官的家人严加审讯，所有赃款都要追赔。
光是清查亏空还不够，皇帝还要取缔陋规和加派。地方官中的下属对上司，按潜规则馈送礼金，若上司身兼数任，就奉送几份礼物。袁可立在山东当总督的第二年，报告他所主管的衙门，以前每年收规礼银十一万两，其中节礼、寿礼银六万两，丁、地规礼银一万余两，两司羡余银三万两，驿道、粮道规礼银各二千两，盐道及盐商规礼银各三千两。
当时这一弊政，朱由校没时间管，也很难管。今年，朱由校禁止总督、巡抚、御史等人接受地方官馈赠，他们也不得以此向州县摊派。
这方面，河南巡抚黄尊素做的比较好。他能以身作则，不收规礼银，约束家人吏役，门包小费一概谢绝。河南有一些特产，如开封府的绫、锦、绸、手帕、西瓜，归德府的木瓜、牡丹、永枣、岗榴，怀庆的地黄、山药、竹器，汝南府的光鸭、固鹅、西绢，平原州县的麦豆，水田州县的大米，附山州县的木炭、兽皮、野鸡、鹿、兔等类，上司强令该地方官交纳，成为土例。黄尊素一概不收，严行禁止地方官交送。
当时山西的规礼也很严重，州县官进谒上司一次，巡抚衙门索门包十六两，布、按八两，粮道十二两，驿道和巡道各五两，本府州十六两，同知、通判三四两。解地丁钱粮，则有鞘费、部费、敲平、饭食、验色、红簿、挂牌、草簿、寄鞘、劈鞘、大
门、二门、内栅、外栅、巡风、付子、实收、投批、投文、茶房等名色。这样每解银一千两，共约需三十两的杂费银。
皇帝深知，想禁州县之加耗加派，必须先禁上司，想禁上司，必先革陋规。朱由校通令全国，严禁接受规礼银。倘若再有私受规礼银，将该员置之重典，其该管之杜夫，也从重治罪。
犁剔地方陋规的同时，朱由校加强对中央官员的约束。原来地方官向户部交纳钱粮，每一千两税音，加送余平银二十五两，饭银七两。内阁首辅孙承宗建议，平余银、饭银均减半收纳。
经过皇帝这么多年的整顿，收税粮基本能保证绅衿们不少交。但绅衿还有许多不法行为是他还未能禁止的：比如说绅衿和地方官吏勾结，包揽诉讼，分享官府的司法权；另外，部分绅衿横行闾里，欺压小民，致使平民惧怕他们有时比官吏还厉害。
前些年，皇帝要求士民一体当差，就有不少监生公开集会反对，结果他们都被皇帝杖打四十大板，发配到台湾岛上，不许回来。
对绅衿本身的纳粮，皇帝也加强管理。凡是绅衿钱粮，在税收印簿和串票内注明绅衿姓名，按时间限制催比，奏销时将所欠分数逐户开列，另册详报，照绅衿抗粮治罪，若是州县隐匿不报，按徇私包庇处置。朱由校还规定，每年年底，监生要五人互保没有抗粮、包诉讼的事情，完结交纳赋粮以后，方准应试。多方面促使绅衿缴纳税课。
如果绅衿硬要拖欠粮赋，皇帝严惩不贷。山东绅衿有“不欠钱粮，不成好汉”的俗语。朱由校把他们这些人的功名全都革除。
皇帝为防止土豪劣绅干政，不许士民保留地方官。士民保留的去任地方官员，应该是有政绩的，或被冤枉的，百姓怀念他，或为他鸣不平而要求他留任。但朱由校还发现这中间有官员买嘱保留的，有劣绅为讨好去任官而保留的，是一种刁风恶习，严行禁止。
绅衿不法，虐待佃户尤甚，皇帝要求司法官员处理主佃关系的案件时，要打击不法绅衿。就比如说广西有个生员打死了自己家的佃农，朱由校认为佃户不敢先动手殴打生员，因此凶手一定是劣绅，要求刑部调查清楚。
读书人打死人，与其身份不合，不应该照常人案例论处，下令让刑部重议生员“欺凌百姓殴人致死”如何加倍治罪的法令。
最后朝廷出了具体规定，秀才监生擅自责打佃户，除了革去功名，还要处以杖八十的刑法。皇帝在这里表示了严厉禁止绅衿欺压佃户的态度。
皇帝用这些办法调节绅衿、平民和朝廷的三者关系。他对绅衿有所节制，对不法绅衿有所打击，然而不是与他们为敌。
有的乡绅为国效劳，是簪缨之族，不能故意打压他们。对士绅要分情况区别对待：品行端方的，应当给以敬礼，以为四民之表率；有一般的小过错的，则是劝诫，令他改正；对那些不肯改过，就依法惩处。