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泰昌元年，九月二十六日。皇帝到皇极门临朝亲政。
天还黑着，就有不少官员已来到午门外。寅时一到，只听得三通鼓响，午门立时洞开。
禁军旗校早已手执戈矛先行护道排列，盔甲兵器光芒耀眼自是不容逼视，鼓声刚停，两匹披红挂绿的朝象被御马监的内侍牵出午门，在门洞两边站好，各把长鼻伸出挽搭成桥。
此时禁钟响起，够级别的显官大僚肃衣列队从象鼻桥下进了午门，不够级别的则留在原地看个眼热。移时，礼部官员清点例朝官员人数之后，手持黄册名簿报了进去。不一会儿，传旨太监便来到皇极门外的台阶上，尖着嗓子喊道：
“有旨——召内阁、五府、六部众皆至——”
一听这旨意，在场官员都知道皇上要在京的所有官员一个不拉全部到场。这种情形，只有皇上要宣布重大事情时才会发生。众官员先是面面相觑，接着又都忍不住交头接耳，叽叽喳喳议论一片。
接着，殿门前“叭、叭、叭”三声清脆的鞭响，接着传来一声高亢的喊声：
“皇——上——到——”
传旨太监的嗓子经过专门训练，这三个字似吼非吼，却悠扬婉转传到午门之外。刹那间，从午门外广场到皇极门前御道两侧以及金台御幄两厢檐柱间，近千名文武官员哗啦啦一齐跪下，刚才还是一片叽叽喳喳窃窃私语的场面，顿时间变得鸦雀无声。阳光恰好也在此时升了起来，皇极门门楼上覆盖的琉璃瓦，反射出一片耀眼光芒。
众臣跪在地上齐呼：
“吾皇万岁万岁万万岁！”
皇帝站在金台御座前，锦衣力士撑张五把巨大金伞以及四柄大团扇护卫丹陛。朱由校冲台下大喊道：“诸位爱卿平身吧，朕今日有两道旨意下达。”
众臣看架势都明白今日会有大事发生，都屏息听着。朱由校封闭了廉泉闸，增强说话声音的传播能力。众臣听皇上讲话，真有如雷贯耳之感。
“杨镐，是无能之辈，致使我大明数万精锐丧生萨尔浒；李如柏，临阵脱逃，见友军交战而不救。此二人辜负了万历皇爷的厚爱，罪不容赦，今日朕判决此二人在西市处斩行刑。”
杨镐和李如柏两人昨日就关在锦衣卫诏狱中，日夜有狱卒看管。李如柏昨夜要自杀，都被人救下来。等着今天把他们押到刑场，以正国法。
底下的群臣鸦雀无声，朱由校接着讲：“处斩此二人，是今日朕的第一道旨意，第二道旨意是罢黜现任内阁首辅方从哲。方从哲不辨良莠，不能以朕之心为心，坐视谣言四散，辱朕名誉。念方从哲多年苦劳，赦其罪，着他回籍闲住，准其在京城再呆三天收拾行李，三天后不许停留。你们大臣受国家厚恩，当思竭忠报主。今后都要洗心涤虑，用心办事。如再有这等的，处以典刑。”
方从哲听完皇帝的话，真好似雷劈一般，良久才回话：“罪臣领旨，吾皇万岁万岁万万岁。”他匍匐在地，竟然晕过去了。
“那既然这样，内阁首辅的位置就空出来了。大家提提人选吧。”朱由校跟众臣讲道，没注意方从哲。众臣还处于一个比较懵懂的状态，此时吏部尚书周嘉谟与皇帝心领神会果断发言。
“陛下，臣以为新的内阁首辅必须通晓兵事，以此可安辽东。只有消除辽东祸乱，天下才可重归太平。臣以为内阁首辅非孙承宗不可。”
“周大人，这番话说得十分在理。孙承宗是朕的老师，有经天纬地之才，他的确能胜任内阁首辅之职。那就这样决定了，孙承宗进升为内阁首辅。今日决定这几件大事就可以了，其他事以后再说吧，退朝，摆驾回宫。”
在场的所有官员都明白，方从哲顷刻之间已从一人之下万人之上的权力巅峰上遽然跌落，而孙承宗则取而代之。这一变化来得太突然，以至所有官员都惊慌失措不知所从。皇帝已飘然回宫，可是皇极门内外，仍是一片死一般的寂静。
方从哲真的是懵了，以至失去知觉。直到缇骑兵把他从地上架起来走下御道时，他才霍然清醒，意识到自己的仕途结束了。
眼看就要走出午门，方从哲知道一旦走出这道门，今生今世就再也没有机会走进来了。于是愤然挣脱缇骑兵的挟持，反身望了望重檐飞角的皇极门以及红墙碧瓦的层层宫禁，他整了整衣冠，对着皇极门一揖到地。
斯时文武百官尚未退场，他们分明都看见了刚才还是首辅如今却成了罪臣的方从哲，是那么的苍老无力。为了不致在昔日的属下百官面前失态，方从哲竭力保持了他的孤傲和镇静，可是一回到家中，就再也控制不住感情，一任浑浊的泪水，在布满皱纹的脸上流淌。
锦衣卫缇骑兵护送方从哲回家，随即就把方府所居的那条胡同戒严了，一应闲杂人等都不准进去，皇帝采取的防范措施。虑着方从哲身为宰揆柄国多年，培植的党羽众多，在朝堂上仍然有翻云覆雨的影响力。
如今既已使出雷霆手段，褫了他的官职，就再也不能给他喘息的机会任其寻衅生事，于是拨了一队缇骑兵把方从哲当作“罪臣”看管起来。缇骑兵隶受锦衣卫管辖，专司捉拿押送犯人之责，平常就飞扬跋扈气焰嚣张。如今奉了圣旨，更是吹胡子瞪眼睛不可一世。
方府上上下下的人，平日里也都是昂头三尺，颐指气使惯了的。如今突然遭人白眼受人呵斥，一时间都成了雪天的麻雀瑟作一团。更有一些昧了良心的仆婢，趁着混乱纷纷窃取主人的细软银两作鸟兽散，方府的管家顾了这头顾不了那头，照得住这个照不住那个，急得像只没头苍蝇，屋里屋外窜进窜出不知该忙些什么。
九月二十八日一早，方从哲坐着马车出正阳门离开京城，他准备到通州坐船，走运河回家乡浙江湖州。
打从坐上马车，方从哲就一直眯着眼睛打盹。其实他哪里有什么瞌睡，只是不想睁眼来看这物是人非的京师而已。
大约午牌时分，方从哲的车队到了通州。刚想入城，一阵急促的马蹄声急速驰来。须臾间，一名侍卫校官来到马车跟前滚鞭下马，大声问道：“这是方大人的车队吗。”
方从哲一看这这校官衣着光鲜，官阶虽然低，但腰牌格式却不一样，这是午门内当差的穿戴。他回答：“老夫就是方从哲，你有何事啊？”
校官答道：“在下是新任首辅孙承宗大人的护卫班头，名叫张载福，孙大人要在宝光寺为方老先生送行，怕你们一行走过了，故先差小的赶来报信。”
这消息让方从
哲感到意外，孙承宗此举是他万万没有想到的。方从哲在马车里颠簸得腰酸背痛，他嘟囔着：“好吧，我看看孙承宗有什么话跟老夫讲。”
宝光寺这里庭荫匝地，大堂里窗明几净，清风徐来。方从哲在偏房里差不多休息了半个多时辰，张居正的马轿才到。
如今孙承宗已是新任首辅，出门的仪仗扈从声势气派又是不同，百十号人前呼后拥，马轿前更添了六个金瓜卫士。宝光寺里里外外，一时间喧声震耳。孙承宗下得轿来，只干咳了一声，院子里立刻一片肃静。
“方老先生在哪里？”孙承宗问跪迎的校尉。
不用驿丞回答，方从哲已反剪双手走出偏房。他早晨出门时穿着的一件蓝夏布直裰，浸透了汗又沾满尘土。进宝光寺后换了一件半旧不新的锦囊棉道袍，看上去倒像是一位乡村的老塾师。乍一见他这副样子，孙承宗感到很不习惯，心里头也就自然涌起了一股子酸楚。
方从哲被罢免时，以亓诗教为首的官员来跟孙承宗求情，希望他出面具疏皇上，替方从哲求情。张居正知道圣意已决，断没有转圜余地。但为了安抚大臣们的情绪，也为了避嫌，孙承宗径直来到内阁，援笔伸纸，字斟句酌地向皇上写了一份奏疏为方从哲求情。
奏疏写完后，孙承宗以他的名义送进宫中。当天下午，皇上的圣旨就传到内阁：“卿不可党护负国！”
这番操作本来就是装装样子，孙承宗还嫌不够，今天早上到内阁点卯，把紧要事体作速处理之后，又乘马轿直奔通州——他决计亲自为仓皇南归的方从哲送行。
此刻面对站在走廊上的方从哲，孙承宗愣了一下，旋即快步迎上去，抱歉地说：“方老大人，仆来迟了，害得你久等。”
看到孙承宗身着云素绸质地的一品官服，不见一点汗渍。方从哲悻悻然说道：“你这新任首辅，理当日理万机，却跑来为我这待罪之人送行，真是棒槌打磬——经受不起啊。”
孙承宗笑笑不说话，与方从哲联袂进了宴会堂，这是一间连着花厅的三楹大厅。须臾间酒菜上来，摆了满满一桌，仆役忙乎完毕退了下去，只剩下孙承宗与方从哲两人坐着酒席。大厅里空落落的，倒显得有些凄凉。孙承宗亲自执壶，一边给方从哲斟酒一边说道：
“方老，本来说多邀几个人来为你饯行，也好有个气氛，但转而一想又改变了主意，还是我俩对酌谈心，更合时宜。来，先干一杯。”
“你今天来到底是什么意思？”
“昨日皇极门之变，骤然间你我一升一贬，一进一退，一荣一衰，应该说都非你我之本意，我今天赶来送你，原是为了向你表明心迹……”
“什么心迹？”
“我孙承宗向你保证绝不找梃击案、红丸案的后账，绝不找你长子的后账。让方老安度晚年，不再牵扯到党争之中。”方从哲听完此话，心里有些触动。
“老夫这一回去，已是雨中黄叶树，灯下白头人，桑榆晚景已经没有几年了。孙大人，你可一定要信守诺言。”
“一点，一定。”
傍晚时分，方从哲坐着雇来的船只回到家乡，在启程时，他心里的一块大石头放下了。