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学园都市，樋口制药·第七药学研究所，身穿白大褂的两名研究人员正在交谈。
“‘那个实验’貌似失败了呢，”其中一个高大的男子道，“果然想要投机取巧，量产lv5是不行的，那两万多个军用克隆人应该最好的只有lv吧，大多都是lv的‘缺陷电力’。”
“这样的话，那不是之前的工作全都白费了么？”一旁的女子疑惑地问道。
“你太天真了，那些人可是只要一旦做什么事情，就一定要把它物尽其用，价值榨干才可能。至于他们究竟做了什么，这我就不知道了，毕竟这是更高权限才能掌握的信息。”
御坂美琴最近每天晚上都在做着同一个梦。
她梦到了时候的自己。在一家康复中心里面，在看到了患有重症肌无力的孩子即使非常努力，却一步步走向死亡时，一个男人对她话：“你想帮助那些人让她们活下来吗？如果那样，能不能把你的dna地图交给我一份呢？”
年幼的美琴自然同意了，并握住了看起来貌似是研究员的男子伸过来的手。可是突然间，美琴就感觉自己身处血泊之中，而周围有无数个死去的自己把她包围在中间，着“都是你害死我们的”，而想要求助的她往远处看去，无数个依旧活着的自己在冷眼旁观。
“为什么，为什么最近总是会做这种梦呢……”美琴感受了一下额头的温度，叹了一口气。
旁边的黑子依旧抱着枕头流着口水，“姐姐大人……不要这样，啊……姐姐大人你这么主动……”
旁边将这一切听在耳朵里面的美琴自然脑后出现了三条黑线，“黑子那个家伙，究竟在做哪门子的梦啊……”
“啊呜……姐姐大人的胸~部还是那么柔软……虽然还是没有发育的样子……”黑子一边着梦话一边用脸使劲儿蹭着怀中的枕头。
“为什么即使知道这个家伙是在做梦，还是会有这么不爽的感觉……”这时候美琴的头上出现了一个恶魔~美琴与天使~美琴，两个人在热烈地吵着架。
恶魔~美琴：“赶紧把这个家伙叫醒，明显是在做春梦呢好吗……”
天使~美琴：“打扰可爱的学~妹的睡眠可是不太好的呢……”
恶魔~美琴：“啧啧，我实在想象不出在梦中的你是有多么强烈的百合控呢……”
被两个东西的争辩吵得头昏脑涨的美琴大吼一声“吵死了，都给我闭嘴”，并向两只美琴挥拳头打了过去，两只~美琴就消失了。
不过美琴的声音终究把黑子吵醒了，“唔……嗯？”看着坐在自己床头的美琴，黑子眼睛亮的发光，“难道姐姐大人终于想通了么？好吧，作为姐姐大人的侧侍，黑子……黑子非常愿意陪姐姐大人一起睡……”着，黑子就向美琴怀里扑了过去。
“噼里啪啦……”不用，迎接黑子的除了一顿电击再无其他，本来就没怎么睡醒的黑子再电击之下居然直接昏睡了过去，这是美琴所料未及的。
“真是的，这样一来就更加睡不着了。”看着黑子恬静的笑脸，美琴瞬间有些嫉妒。“算了，不如去验证一下这些天的那个梦吧。”完，美琴换上了一身便服，从窗户跳到了宿舍外面。
毕竟时间已经很久，在那次提供dna地图之后美琴就再也没来过樋口制药·第七药学研究所，所以光是找就找了一个时，不禁使得美琴大呼倒霉。
由于自己的能力，即使监视器依旧在正常工作，不过对美琴来只不过是菜一碟，她所需要防范的只有夜间巡逻的警卫。而美琴也凭着自己的身手顺利地进入了研究所的内部，不过这个时候，她却遇到了难题。前面是一个用电子锁操纵的大门，两个警卫人员正在门口严阵以待。当然电子锁这种东西对美琴来是再简单不过的事情，只是那两个一直不动地方的保安让她很是头疼。
“真是的，这该怎么办？”美琴思忖着，可是依旧找不到方法。突然间，警铃大作。
“怎么回事？我都用能力处理过了，监视器和报警器不可能发现我……对了，一定是谁不心触碰到了报警仪了吧。”
由于警铃响了起来，之前看大门的警卫人员自然不可能无动于衷，两个人都去查看到底有什么异常去了，这也给美琴留下了机会。
这么好的机会美琴自然不会放过，通过自己的能力，美琴干脆利落地解决了电子锁，继续向前走去。最终，她来到了一间类似控制室的房间。之后，美琴通过自己的能力，从电脑上开始下载资料。
“量产型能力者计划？‘sisters’？这是什么？”正在一目十行扫描资料的美琴突然间发现了感兴趣的东西。
“量产型能力者计划，是通过对lv5的‘超电磁炮’的dna地图的解析，从而进行对军用克隆人的量产，使得克隆出来的军用克隆人同时拥有‘超电磁炮’的能力，达到对超能力者的量产，简称‘妹妹们’……”美琴轻声念着，“dna地图？我的？不是应该被用到重症肌无力的治疗上了么？那么为什么会在这里，是后来转用到这里，还是，一切都是一个谎言呢……”美琴不禁咬了咬牙。
“然而经过树形图设计者的计算，培养出来的妹妹其能力还不及超电磁炮的1%，平均等级只有lv，之后该计划被废止……什么啊，被废止了吗？也是，怎么可能设计出这种实验嘛……我也真是的，仅仅就为了一个梦就来到这里，虽然自己的dna地图被用在别的地方有些让我不爽，不过既然没有产生什么坏的后果就暂时饶了那些人吧。算了算了，回去睡觉，明天还要上课呢，呼啊……”
这个时候，在这家研究所里面的另一个地方。
“不许动！”一群警卫拿着枪指着一个在黑暗中的娇身影，警卫前面的战斗用机器人也已经严阵以待。
“等一下！”这个时候，一个身穿白大褂的研究人员从后面跑了过来，“这个不是侵入者！我只是忘了把钥匙给她罢了，你和我来吧。”
这时候，如果美琴还在的话，她一定会惊讶地跳起来，因为从黑暗里面走出的是一个少女，而这个少女除了瞳孔有些黯淡无光之外，简直就是另一个自己的翻版。
少女一言不发，跟随着研究人员进入了美琴刚刚离开的房间，在按了几个按钮之后，屏幕上出现了和刚刚一样的“量产型能力者计划”。然而不同的是，在少女输入了几个类似口令的东西后，屏幕上的“量产型能力者计划”瞬间变成了“绝对能力者进化计划”。
屏幕上的字也转变成了这样——经过树形图设计者精密演算，学园都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有机会进化为lv6的绝对能力者，但是需要二百五十多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者。因为没有能使人能够活二百五十年的方法，因此选择另一种方法：
那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据树形图设计者的演算结果，只要准备好一百二十八种战场将超电磁炮杀害一百二十八次，一方通行便可以进化为lv6的绝对能力者。
但是因为无法准备一百二十八个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的“量产型能力者计划”中的“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%——也就是level的程度，因此根据树形图设计者的演算结果，只要准备好两万种战场及两万名“妹妹们”也可以达到相同的目的。
此时，学园都市第七学区，某个无人的巷里面。
一个有着和刚刚操作电脑的少女一样的面孔的少女从巷中冲了出来，现在的她可谓是狼狈至极，常盘台的校服已经破破烂烂，浑身也已经遍体鳞伤，额头也在不住地流血，手中的冲锋枪也已经快要拿不住了。
少女的体力已经达到了极限，可是她还是不敢停下脚步，仿佛后面的是一个死神一样。
“逃得真开心呢……不过今天就到这里吧。”突然间，一个声音从前方的拐角处传来，少女吃了一惊，对着前方的黑暗处使用了自己的能力电击，同时手中的机关枪也开了火。然而，无论是电流还是子弹，在接触到黑暗处时都好像被什么反弹了一样，转而飞向刚刚开火的少女。
随着“噗噗”的子弹入体声，巷恢复了之前的寂静，一切都好像没有发生过。
“真是麻烦呢……虽然是‘人偶’，可是还要杀多少个啊……”黑暗中，传来一声轻轻的叹息与渐渐远去的脚步声。
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