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要知道幽灵族的战舰体系都是由生物战舰组成，严格说来母巢战舰就是一个独立的生命体，只不过体型庞大了一点而已，所以现在母巢战舰这种情况基本上只有一个可能，那就是它生病了。
因此不管它这个病怎么来的，只要能搞清楚它生病的原因，大概率可以追根溯源的找到对付整个幽灵族战舰体系的办法，或者是哪怕只找到针对母巢战舰的病毒也是一个巨大的战略优势。
由于母巢战舰会吞噬进入其中的所有生命体，所以派人登陆战舰是行不通的了，不过母巢战舰既然是生命体，那么也不一定非得从体内来获取它的身体组织，先从体表组织进行分析也是一种方式。
奥古斯特派出星门飞梭在母巢战舰的表面收集了各个部位的组织样本，但是很可惜，从这些体表组织上并没有找到什么异常现象。
眼见在母巢战舰外部没有收获，奥古斯特只能继续把目光投向战舰内部，既然母巢会吞噬生命体，那就派非生命体进去执行任务好了，古人族在这方面依然有着非常多的手段。
古人族在何欧若拉号上制造了一批智能机器人，然后将他们传送进了母巢战舰之内。
这些智能机器人进入战舰后果然没有遭遇母巢的绞杀，他们的程序里都有母巢战舰的详细图纸，于是就按照各自预设的程序前往战舰的各个部位收集生物组织和下载飞船日志。
等这些机器人完成任务之后，欧若拉号就将他们进行了回收。
通过读取这艘母巢战舰的日志，奥古斯特终于知道它身上到底发生了什么事情，原来这艘母巢战舰真的是感染上了某种不明病毒。
一开始幽灵族并没有察觉到太多的异常之处，直到战舰上不断有幽灵族失踪才引起了幽灵女王的注意。
幽灵女王怀疑有古人族潜入了战舰，于是组织了一次全面排查，结果自然是一无所获，而且在这个过程中依然持续有人员失踪。
隐约感觉到不妙的幽灵女王干脆和母巢战舰建立了意识连接，这下她才发现了那些失踪的幽灵族去了哪里。
原来那些消失的幽灵族都被战舰给吞噬了，他们要么突然被拖入墙壁，要么突然陷入地面，最后的结果都是尸骨无存。
幽灵女王也因此陷入了迷茫之中，母巢需要吞噬生命体是正常现象，这么庞大的身躯本来主要也是靠吞噬各类生命体才成长起来的。
但是母巢膨胀到一定程度就会主动停滞下来，现在这个体型是母巢最为合适的形态。
生物型战舰的建造不同于人类的建造钢铁战舰，虽然母巢的自主意识很弱，但是依然具有生物的本能，它们的体型极限并不由幽灵族决定，而是由母巢本身来决定的。
当母巢战舰的形态稳定后就不再需要大规模的进食了，只有在船身受到伤害之后才需要通过大规模的进食来恢复船身。
幽灵女王开始以为是母巢受到了未知袭击而出现了损伤，但是通过全面检测发现并非如此，于是她竟然想到了另外一种可能性，那就是母巢再次发生了进化，否则它根本没有理由突然开始大规模的进食。
这种念头一旦升起来就不可遏制的占据了幽灵女王的心神，为了验证自己的想法，同时也是为了避免继续损失族人，于是她下令突袭了几个其他部族的人类牧场，在捕获了大量的人类之后，就让自己的母巢战舰驶向飞马星系的边缘。
这个幽灵女王觉得如果自己部族的母巢真的再次开启了进化之路，那她的母巢战舰必然会成为幽灵族最为强大存在，甚至自己也会成为所有幽灵族的女王。
但是母巢进化绝非一朝一夕可以完成的，这个过程中甚至有一段虚弱期，而一旦让其他幽灵部族知道了这个情报，很有可能联合起来剿灭自己的部族。
所以为了安全起见，这个幽灵女王选择了前往飞马星系的边缘，从而达到避开所有人的耳目的目的，而她之前捕猎的那些人类应该足够母巢完成这一次进化了。
然而事情的发展却完全偏离了这个幽灵女王的预料，母巢战舰在吞噬了大量的人类之后非但没有开启进化之路，反而逐渐出现了失控的迹象。
母巢战舰竟然关闭了所有对外的出口，不论是小型战舰还是幽灵战机都无法飞出母巢，而且母巢也不再局限于吞噬人类了，它开始无差别的吞噬所有生命体，包括那些幽灵战舰和战机。
这个时候幽灵女王终于察觉到了不对劲，她也试图通过和母巢建立意识连接来阻止它的疯狂行为，可惜母巢战舰此时已经彻底失控，幽灵女王也影响不了它分毫。
幽灵女王自然不打算坐以待毙，她开始在战舰系统中翻查母巢战舰出现第一次异常吞噬之前的日志，结果还真让她发现了问题的根源。
原来这个幽灵部族之前发现了一个不在星门网络之中的拥有智慧生命的星球，这种发现对于幽灵族而言是极为稀缺的资源，因为这意味着他们可以单独享用这里的人类牧场，不用担心其他幽灵部族前来分一杯羹。
这个游离于星门网络之外的星球已经发展出了极为灿烂的文明，甚至都进入到了星际文明的时代，可惜他们却在这个时候遇到幽灵族。
于是一场毁天灭地的灾难降临在这个文明头上，幽灵族凭借其压倒性的太空战舰优势将这个文明彻底摧毁，他们中的绝大多数人类自然也成了幽灵族的口粮。
但是这个文明毕竟已经跨入了星际文明的行列，在反抗幽灵族入侵的时候甚至都给母巢战舰造成了一定的损伤。
在战争后期，为了能让母巢战舰尽快修复，幽灵女王让母巢直接降落到那个星球的表面，通过大规模进食来恢复船身。