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宣和二年十月末，方腊起义终于爆发。义军势力发展迅猛，于十一月底占领浙江青溪县城，至十二月下旬，相继攻占睦州（浙江淳安）、寿昌、分水、桐庐、遂安、杭州等地。义军攻下杭州后，影响巨大，仙居、东阳、永嘉、嵊县、缙云、兰溪、苏州等地，相继爆发农民起义，与方腊义军互相呼应，义军烽火燃遍江浙大地。
摩尼教聚众百万，攻占六州五十二县，踪迹遍布江南十四州的广大地区。奏章告急，朝廷震动。公元1121年，宣和三年正月，宋庭连日紧急朝会，商讨应对方案。随即作出几项重大决定：罢朱勔官，撤销应奉局，停办花石纲，派大军进剿。
刘通丁忧，在家闲居，没有参与朝会。朝中大臣来拜访的不少，他们与刘通商谈时局，对刘通先前的大胆预测充满惊异。朝中大臣均为才智超群之士，不同之处在于为公还是为私，为民还是为己。朝廷作出上述决断，同情民间的意见还是占据主流，蔡京、王黼、朱勔之流未能占得上风。徽宗能够听进建议，与他后来不听主战呼声、力主对金妥协的态度大异其趣。
朝议之余，徽宗传刘通入宫。徽宗说道：“中明来了，朕有一事不解，你曾多次提及江南事务，让朕留心，而今果然事发，中明何以知之？”
刘通：“皇上，朝中诸多大臣早在忧虑此事，不光是微臣一人。皇上对臣信任，臣不敢藏私，宁愿让皇上责罚，也要多说几句。”
徽宗：“你看王师南下能否平定贼乱？”
刘通：“江浙动乱，起因于课税过重。皇上英明果断，撤销应奉局，停办花石纲，查办朱勔等人，此举一出，已然胜算过半。东南乱民，虽号称百万，其实大多为蚁附之徒，顽劣者顶多二十余万。此等顽劣之众，纠合聚集，既无训练，更缺军器，何以抵挡朝廷精锐。再者，乱军四面出击，兵力分散，犯兵家大忌。王师一到，必能扫清乱贼。”
刘通先说动乱原因，接着不忘捧他一下，然后深入解析，徽宗听得暗自点头，又问：“依你看，平定贼乱需要多长时间？”
刘通：“少则三月，多则半年。”
徽宗：“何以见得？”
刘通：“叛贼主力，大部聚集在睦州、杭州、歙州，其余诸州或是偏师，或是有人打着方腊旗号，却非方腊部众。乱贼号令不一，各自为战，只需拿下方腊，其余不足为虑。欲平方腊，估计三到六个月时间即可。”
徽宗：“中明之言，让朕底气更足。要是你领兵出征，朕就更放心了。只是你丁忧未满，不得其便。”
刘通：“皇上方略已定，只需坐镇京城，派谁督军都能克建殊功。”
徽宗很高兴，拍着刘通的肩说道：“中明的见识远超朝中众臣，就是有些毛糙，经常捅篓子，老是让朕操心。”
刘通也有些感动：“臣不敢忘记皇上的厚爱。”
徽宗：“有这份心就好。”
平定方腊的宋军由童贯统帅，以二浙制置使谭稹、都统制刘延庆为副手，分为东西二路南下。东路主力是王禀，西路主力是刘稹。东西二路大军节节推进，于四月会师浙江青溪方腊的根据地帮源、样桐，旋即拿获方腊极其部将。浙江农民起义主力军至此冰消瓦解，义军余部在次年夏秋之间也被官军扑灭。
浙江农民起义挫伤宋人的军心民气，打痛赵家王朝的统治，大伤北宋的元气。江浙是钱粮重地，此处受损，使得原本拮据的国库更加空虚，此后对辽作战更为艰难，对抗金兵更是陷入苦战。
为应付江南战事，从西北抽调数万劲卒，西北的军力锐减，对辽形不成战略优势。江南战役，使得人力物力财力的消耗不是用在对敌，而是用在内斗，实在令人痛惜。而其精神方面的创伤，更是无法用金钱衡量。
刘通的丁忧致1121年二月期满，徽宗赐刘通猷阁待制，让其御前听用。此时江南战事正处在激烈的中盘阶段，形势的发展一如刘通的预见，官军步步进逼，义军节节后退。刘通既回朝堂，与徽宗相处的时间增加了很多。
三月底一天，徽宗与刘通闲谈，论及江南事务，徽宗说道：“中明所见，果然如此。”
刘通：“这都有赖陛下的明断。皇上，有句话还想跟您老说。”
徽宗：“有什么话尽管说。”
刘通：“方腊之乱不久可灭，这是好事。臣有一个担忧，朝廷的课税要是不作调整，江南之民恐有反复，小股乱贼可能会时起时落；江南之外的情形，大概也是如此。”
徽宗：“果真如此？”
刘通：“这是臣的担心。”北宋末年南宋初期，农民起义此起彼伏，其远因在此时种下。而其根本原因则是朝政腐败，民众不堪重负，被迫揭竿而起。
徽宗：“中明的忧虑不无道理，只是国库很紧，到时再看吧。理完江南之事，对辽事务不可停下。咱们对辽之策是否还象从前？”
刘通：“大的方向毋需变化，只是要多花一些精力。咱们的军事物资和财力在江南消耗不小，而辽人见我境内骚乱，自然会驻足观望，要吸引他们过来，比以前更难一些。”
徽宗：“不战而屈人之兵，善之善者也。实在难行，还是出兵的好。”
刘通：“辽人在北，占有地利，咱们要想取胜，势必要做好充分的准备。物资要充足，兵力要占优，军心民气要鼓舞；若能奇袭，那是最好，不过恐难实现。”
徽宗：“如何才能奇袭？”
刘通：“大规模的军事调动瞒不过辽人，但瞒天过海之策还是可以用的，此外，辽国若有内应，那是上上大吉，有了内应把握更大。”
徽宗：“童太师对辽人有些偏见，对辽西的事务，还是你去主理。等江南之乱平定下来，你还回西北去。中明的大略是不错的，就是内务方面过于急切，经常让朕为难。”
刘通：“政务改良可以暂缓，只是出兵北上之期也不能太早，皇上可要耐心等候佳音。臣殚精竭虑，一定不负陛下的厚望。”
徽宗笑道：“就惦记着朕来催你，可以给你多些宽限，但也不能太久，五年总够了吧。”
刘通：“皇上圣明，臣为前驱，一定给皇上争光，誓当扫平大漠，东拒女真，将来或有西进楼兰之时。不建功勋，决不回还。”
徽宗大笑：“爱卿有这个志向，朕心甚慰。朝中一些大臣，要么畏首畏尾，絮絮叨叨；要么空有大志，却无才干，让朕很是失望。中明多些担待，好好用心，朕等你传回捷报。”
刘通：“皇恩浩荡，微臣定当不辱使命，放马阴山之北，收复故土，保我大宋江山。”徽宗击掌赞之。
公元1121年五月，刘通再次受命，西进秦川。他离开西北的七个多月中，西北人众大多在观望，西北的发展势头暂时放缓了，辽夏二国也在观望，宋夏边界局势骤紧。如今刘通回来了，西北民众鼓噪欢呼，西夏松了口气，辽西之人却是疑惑不定。