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延州事务部署完毕，一行人继续南下。刘通等人从陕西北部、中部返回长安，沿途考察民生民情，整顿吏治，阐述大政方针。沿路遇上不少私设的关卡滥收过路税，对此全部予以取缔。为了防止和打击私设关卡现象，回到长安后，专门成立探风使，到三秦大地明查暗访，一经发现，就地取缔，绝不姑息。要保障经济发展，促进商品流通，非实行强硬政策、采取非常手段不可。
回到长安，开始改良人事制度，裁撤冗员，试行竞争激励机制。此时整顿吏治，有几个有利条件：一、经济的振兴，使工商界和民间要求改良的欲求更加强烈；二、具备了一定的经济基础，就业机会增多，出路更广；三、军队需要人手，裁撤的冗员可以转一部分到军营，以加强军事力量；四、班底更加稳固，威信更高，军令、政令更加通畅。
整顿吏治的其中一项重要举措就是打击贪官恶吏、劣绅恶霸，对其中罪大恶极者处以极刑。同时进行的便是复查旧案，平反冤屈。将清廉兢业、民众拥戴的官员提拔重用，举荐他们出任三路提刑官，纠察各类刑事狱案。刘通硬起腰杆，在他的主导和支持下，是打了一些大老虎的。
整肃内政的同时，加强对辽国的政治攻势，不断加强晋北、陕北的军事力量。从西北三路抽调兵力，入驻永兴军路、河东路北部地区。自南至北，陕西的延州、绥德、榆林，河东的太原、忻州、朔州等地，兵力逐渐增加。对西夏的防范，拟从其他州路抽调兵力，布防在西夏沿线重要地段。各路抽调的兵力先在京城集中，再陆续开赴对夏前线。
刘通的举措，触动了若干士人、豪绅的利益。他们不会束手就范，一些人手眼通天，直诉汴京。朝中一些大臣的私贡出自西北，他们不会听任刘通斩断来源。这群人能量不小，内外结合，欲挤刘通出西北。众口铄金，积毁销骨，况且刘通到西北已经二年多，却是寸土未得。徽宗听得杂音多了，加上急欲收复北方土地，决定先将刘通召回京城，同时派员核查西北军政情况。控告的罪名主要集中在这几项：一、擅改祖制，邪说惑众；二、勾结外番，引狼入室；三、损公肥私，威福自用。
正当刘通踌躇满志，准备大干一场时，突然接到诏令，大意是：中明出任西北三年，朕心甚念。迄今未曾对辽用兵，朕心甚虑。中明年岁尚轻，遇事恐有急躁之处。对蛮夷却又过于谨慎，宽仁有加而威慑不足，此非上国应有之象。兹命回京述职，既解记挂之思，又释朝臣之惑。待商酌之后，再定行止。
圣旨下达之前，刘通已知朝廷的动向。将各项工作抓紧布置下去，找心腹部属商讨因应之策，甚至作了最坏的打算。而今的西北高层，大局观大有提升，对未来可能出现的局面耳熟能详，有识之士进一步凝聚在刘通周围。西北上下对于刘通的回京甚是惋惜，都希望他还能回来主持大局。临行前，刘通特意找周侗、岳飞叙谈，对岳飞寄予厚望，二人很是不舍，希望他能够早日回来相聚。
宣和二年秋九月，刘通与家人出长安往汴京进发，同行的有公孙胜和几名护从。不一日回到京师。见过家中老人后，刘通与赵茹和孩子三人入宫觐见。
一家三口拜见徽宗后，赵茹带着孩子入内宫去拜见外婆太。徽宗留下刘通叙谈。此时的徽宗虚龄39岁，与三年前相比已经有些发福了。徽宗说道：“现在没有外人，你且坐下，让朕好好看看。哈，出去三年，好像老成一些了。你送回来的西域之物，朕很喜欢。那于阗玉，朕用它刻了一枚铭章，呵，就是这个。西夏贺兰石，是上好的砚台，盖上之后，墨水常年不干，的是佳品。”
刘通不敢就坐，赵佶再叫他坐，方才坐下。徽宗：“一别三年，就生分了？”
刘通：“皇上龙威更胜从前，臣仰慕得很。”先送上一顶高帽再说。
徽宗：“嗯，还跟以前一样，朕一见你，就觉得热乎。只有你的心气能够让朕敞开胸怀，朝中大臣虽是讨好朕躬，却总不像那回事。”
刘通：“万岁睥睨天下，那是非同凡响。有万岁爷作后盾，微臣给您老当马前卒，冲锋陷阵，斩将夺旗，不在话下。”虽是讨好之言，却是满怀信心。
徽宗笑道：“还说斩将夺旗，这都二年多了，也没见你放一个···兵一个卒出去，朝中多有微词，讲你光说不练。”本来他想说“也没见你放一个屁”的，话到嘴边觉得不雅，给改掉了。
刘通：“咱们迟点出兵，更为有利，再过一年半载，辽人来投奔大宋的肯定会多起来，那时出兵，水到渠成，或能兵不血刃而下辽西之地。即使动武，咱们的损失也会减少。”
徽宗：“童太师那边已经耐不住了，你再不动，他就要动手了。”
刘通：“微臣愿立军令状，再给二到三年时间，要是还没打开辽西局面，您老将我的脑袋拧下来当球踢。”
徽宗大笑：“我现在就想把你的脑袋拧下来当球踢，以解心头之恨。再过三年，胡子都等白了。”说得兴起，更加放开了。
刘通：“皇上龙体康泰，千秋万载。区区三年，一晃就过。”
徽宗：“这且不说了。你在秦川裁汰官员，大伙对你不满，都来向朕告状，说你坏了祖制，中明行事操之过急了些。”
刘通：“皇上，咱太祖太宗之时，数十万兵所向披靡。而今咱们就要出兵辽西，那些人会拖后退，不利于北伐大计。若能为皇上分忧，收复故土，臣愿背负骂名。”至徽宗朝，兵员已过百万之数。
徽宗：“朕也知道，裁撤官员很是不易，这倒是难为你，还是慢些来吧。把你叫回京来，平息一下众人的火气。那个山海经新解，是怎么回事？”
刘通：“上古之时，本来有山海图的，微臣突发奇想，斗胆将它补上。”
徽宗：“你是当朝大臣，往后这些荒诞怪僻之说，不可妄言。你回去也好好想想。”刘通谨遵圣谕。致于勾结蛮夷、引狼入室之事，徽宗知道那是对辽夏的策略使然，而非事实。何况，这本来是既定的方策，徽宗心中有数。随后，刘通也入内去拜见太后。
刘通回到汴京，赋闲在家。刘正夫的身体不是太好，加上担心刘通的事，没过多久，写下“留神根本，深戒持盈”八字，便去世了。徽宗追赠刘正夫太保之衔，谥文宪，后又赠太傅衔，恩宠有加。
刘通身在汴京，心在西北。刘父既已辞世，为人子者，那是哪儿也不能随便去，每日低调做人。与外头交流信息，靠公孙胜和方铁山从中传递。眼看东南形势日益严峻，蔡京等人置若罔闻，徽宗又是自我感觉良好，仍是无人关注。刘通让吕将把物色的人员带到北方，这也许是近年之内最后一批江浙义士了。
每常，郑居中、李纲、宗泽等朝臣来找刘通座谈，棋界祝不疑、晋上明等人来找他下一两盘棋。叙谈对弈之后，喝些小酒，舒舒胸臆，却也打发不少时光。一如鲁迅先生之所言：大寰犹酩酊，微醉合沉沦乎？