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1993年夏，亨廷顿在美国著名的外交杂志上发表了一篇题为文明的冲突？的文章，引起国际社会的普遍关注和争论。不久，他又在外交杂志上发表了后续文章如果不是文明，那是什么？。1996年亨廷顿在文明的冲突与世界秩序的重建一书中，又对他的理论进行了更深入、更系统的阐述。作者认为，自从“资本主义阵营”和“共产主义阵营”的冷战结束之后，原有的两半划分已不存在，因此世界需要新的划分方法。他认为应该从固有文明来划分，目前世界上有7种或8种文明，即中华文明(起初亨廷顿称之为“儒教文明”但在成书时，他认为称“中华文明”更准确。)、日本文明、印度文明、伊斯兰文明、西方的基督教文明、东正教文明、拉美文明，还有可能存在的非洲文明。世界冲突的根源不再是意识形态而是文化差异，主宰全球的将是文明的冲突，构成21世纪世界的冲突图谱，这种划分为突然失去地图的世界提供了一张简明的地图。
在亨廷顿看来，中华文明(实际上指中国)和伊斯兰文明(主要指阿拉伯人和波斯人)同西方的基督教文明有很大的差异性，而未来世界的冲突将是由中华文明与西方文明间的冲突以及伊斯兰文明与西方文明间冲突引起的，事实上，塞缪尔？亨廷顿于1991年就从地缘政治的角度把中国的崛起和当时德、日的崛起类比，认为中国是对美国全球安全利益的潜在威胁。两年后，即1993年他提出了这种著名的“文明冲突论”把“中国威胁论”提升到一个理论的高度。涉及世界主要文明核心国家的全球战争很可能不会发生，但不是不可能发生。引发文明间全球战争的一个危险因素，就是各文明之间及其核心国家之间均势的变化。如果这种状况继续下去，中国的崛起和这个“人类历史上最大竞争者”的日益自我伸张，就将在21世纪初给世界的稳定造成巨大的压力。中国作为东亚和东南亚支配力量的出现，与历史已经证明的美国利益相悖。
他在论述中华文明与西方文明之间的“冲突”时说(以下引文均自文明的冲突与世界秩序的重建，新华出版社，1998年3月版。)：
历史上，中国自认为是兼容并蓄的：一个“中华圈”包括朝鲜、越南、琉球群岛，有时还包括日本；一个非汉人的“亚洲内陆地带”包括满族、蒙古族、维吾尔族、突厥人和藏族，出于安全的原因，他们必须受到控制；此外还有一个蛮夷的“外层地带”“他们只需要朝贡，并承认中国的优越地位”当代的中华文明正以类似的方式来建构：以汉族中国为核心，包括中国所属的但享有相当自治权的边远省份；法律上属于中国但很大一部分人口是由其他文明的非汉族人所构成的省份(西藏、新疆)；在一定条件下将要成为或者可能成为以北京为中心的中国之一部分的华人社会(香港、台湾)；一个由华人占人口多数、越来越倾向于北京的国家(新加坡)；在泰国、越南、马来西亚、印度尼西亚和菲律宾有重大影响的华人居民；以及受中国儒教文化颇大影响的非华人社会(南北朝鲜、越南)。
冷战结束后，中国确立了两个目标：成为中华文化的倡导者，即吸引其他所有华人社会的文明的核心国家；以及恢复它在19世纪丧失的作为东亚霸权国家的历史地位。中国正在发挥的作用可以从以下方面看出：首先，中国描述它在世界事务中的立场的方式；其次，海外华人在经济上介入中国的程度；第三，其他3个主要的华人实体香港、台湾、新加坡与中国的经济、政治、外交联系的不断发展，以及华人有着重要政治影响的东南亚国家更加倾向于中国。
他说，中国政府把大陆中国看作是中华文明的核心国家，所有其他华人社会都应倾向于它。自从放弃通过当地的communistparty来促进它的海外利益后很长时间以来，中国政府一直寻求“自己作为世界华人的代表地位”对中国政府来说，所有的炎黄子孙，即便是另一个国家的公民，都是中华共同体的成员，因此在某种程度上应服从中国政府的权威。散居在各地的华人，也越来越明确地使用“文化中国”这一概念来表明他们的共识。20世纪曾是西方众矢之的的中国认同，现在正根据中国文化这一持续要素来被重新阐述。
历史上，这种认同与华人国家同中国国家的中央权威的关系之变化是一致的，这种文化认同感既有助于几个华人国家之间的经济关系的扩展，又为这种关系的扩展所加强；这些华人国家反过来又成为促进大陆中国和其他地方的经济迅速增长的一个主要因素；其结果又为中华文化认同的增强提供了物质和心理的动力。
因此“大中华”不仅仅是一个抽象的概念。它是一个迅速发展的文化和经济的现实，并开始变为一个政治的现实。东亚的经济越来越以中国为中心，以华人为主导。
中国经济迅速增长10年后，西方对中国的经济介入曾由于tianan-door事件而减少，这为海外华人创造了一个利用共同文化和私人交往在中国大量投资的机会和动力。经济力量的增长和共同的中国文化的结合导致了香港、台湾和新加坡与华人的“祖国”中国关系越来越密切。在正在显现的世界中，属于不同文明的国家和集团之间的关系不仅不会是紧密的，反而常常会是对抗性的。未来的危险冲突可能会在西方的傲慢、伊斯兰国家的不宽容和中国的武断的相互作用下发生。
中国拥有与西方极为不同的伟大的文化传统，并自认其传统远较西方的优越。在与西方的关系中，随着其力量和自我伸张性增强，与西方在价值观念和利益方面的冲突日益增多和加剧。 亚洲的经济发展和亚洲社会日益增长的自信，至少从3个方面扰乱了国际政治。首先，经济发展使得亚洲国家能够增强其军事能力，给这些国家未来的关系带来了不稳定性，使冷战中被抑制的问题和矛盾显现出来，从而增加在这一地区出现冲突和不稳定局面的可能性；第二，经济发展加深了亚洲社会和西方之间，主要是与美国之间的冲突的强度，并增强了亚洲社会在斗争中取胜的能力；第三，中国这个亚洲最大国家的经济增长会扩大其在该地区的影响，以及恢复其在东亚传统霸权的可能性，迫使其他国家要么“搭车”和适应这一发展，要么“用均势来平衡”和试图遏制中国的影响。 (随着中国实力的增强，)中国与美国的关系变得越来越具对抗性。据说，在中国领导人和学者之间存在着一种广泛的看法：美国正企图“在领土上分裂中国，在政治上颠覆中国，在战略上遏制中国，在经济上挫败中国。” 所有这些指控都是有证据的。(美国确实在这么做。)
亨廷顿在学术界可谓大名鼎鼎，他是美国当代政治发展理论权威，自20世纪50年代起即在哈佛大学任教，曾任美国政治学会会长。除学术活动外，也积极参与各种有关军事、外交、政治方面的政府顾问工作，也曾是卡特政府国家安全委员会计划顾问。亨氏著述甚丰，主要有：政治权力：美国与苏联(1964年)、变化社会中的政治秩序(1968年)、难以把握：发展中国家的政治参与(1976年)、美国政治：不协调的允诺(1981年)、第三波：20世纪末的民主化进程(1991年)。其思想和论点影响巨大，不仅在学术界是翘楚，而且对美国政府政策的制定也有很大的影响。“文明冲突论”几乎刺激了所有文明的神经。
“文明冲突论”在中国也快速流行，因为他肯定了中华文明从古至今的重要地位，更设想了新世纪的三大主角，中国文明和中国文化，很久以来没有被外界如此看重，这让中国人产生愉悦感，这种快感又与我们谋求中华文明全面复兴的宏伟意愿联合在一起，一度成为了一种强烈的文化意志及文化认同！
我认为盲从的背后一定存在着疏漏的双眼。世界各大文明之间融合的事实，远远超过冲突的事实，只是文明互相之间，一定有共同的语言，也有共同的敌人，人类不能放过必须一起面对的灾难，而回过头来自相冲突！
亨廷顿如此强调文明与文明之间的冲突，其实只是一种西方本位主义的立场在防范者其他文明，尤其是中华文明，更被看作是美国的主要对手，正如德国学者哈拉尔德？米勒所说，这个理论背后隐藏这两个基本词语“我们”和“他们”米勒认为，人类历史上一切简单化的理论总会让人付出沉重的代价，最后才会让人摆脱。难道亨廷顿想让中华文明来支付这项债务吗？中国的“阶级斗争论”与“文明冲突论”的组合模式完全一致，这不难让所有人提高警惕，阶级和阶级斗争不是不存在，但“阶级斗争论”却将一切偶然现象上升为必然，将一切片段时间扩大为整体，将一切变动状态固定为永恒，将一切争取和解与融合的机会与努力批判为投降，结果又发了巨大的历史灾难。
看看人类面临过的灾难与危机，例如，自然灾害，生态恶化，核竞赛，恐怖主义，人口爆炸，没有一项有哪个文明单独创造，又由另一个文明单独解决。更多冲突发生在一个文明系统之内，而人类遇到或将遇到的诸如生态危机，海啸，sars，禽流感，更证明了我的想法。
假如“文明冲突论”如此大行其道，那么当我们学习外国文学时，是不是会与中国文学产生内爆？那么报纸报道国外新闻时，是不是会让我们浑身难受？那么世界性的节日、奥林匹克运动会岂不成了人类互相残杀的战场？不！结果远非如此，如果不同文明之间必然导致你死我活的冲突，那么我们的心灵早已是一个寸草不生的战场，不同文明共处的前景，不必询问太多的学者，只要看看自己的生活就可，哪里才有最准确的人类文明微观的地图。
复兴中华文明是好的，但为此而在毫无烟火痕迹的地方开辟出战场却是最为愚蠢的，打的一片狼藉后再换一个地方，再找一个假想敌重燃战火也是万万使不得的，永远不要让最安静的文化领域因一个人的存在而变的最凶险，永远保持与“生命不止，战斗不息”的距离！其实，文化应该是一面友善的旗帜，文化应该是一种沟通的笑容。中华文化为什么存活数千年而至今犹存，因为我们的祖先以中庸、和谐的心态阻止了各种极端主义的长期发作。
“文明冲突论”面世后“发言”的中国学者大多是持批判的态度，这与亨廷顿把中华文明与世界其他文明对立起来，认为中华文明是对世界秩序的威胁，并预言中国的崛起将导致全球文明冲突有直接关系。 如汤一介先生在评亨廷顿的(哲学研究，1994年第3期)指出，从中国历史上看，儒家思想有两种不同的形态，一是作为官方意识形态的儒家文化，另一个是作为理念形态的儒家文化。作为官方意识形态的儒家文化确实存在着某种“专制”和“暴力”的性质，但即使这样它也并非有着强烈的扩张性，而且任何学说一旦成为一种意识形态都可能发生与其学说本身相悖的作用。作为理念形态的儒家文化，它是主张“和为贵”的，因此具有相当大的包容性。就现时各国、各民族的实际情况看，大概没有把儒家文化作为官方的意识形态的可能，儒家文化只能作为一种理论、思想起作用。儒家文化作为一种理论、思想，它所提倡的是“普遍和谐”的观念。如果我们为21世纪人类社会发展的前途考虑，那就必须争取把“和平与发展”看成所有国家和民族的责任。现代人应该宽容差异，理解差异，但这个结论认为，对于文明之间的差异，不应该仅仅只宽容和理解，更应由衷的喜悦，也就是说，人类文明如果没有差异，人类就无法活得快乐。我们生来就是为了欣赏和享受各种文明的千姿百态的，这才是一种健康的文化态度。如果哪一天，世界各地变成了唐诗宋词的世界，这将是世界的不幸，也将是中华文明的不幸。因为越是民族的越是世界的！